İncesu’yun tarihi M.Ö. ki yıllara dayanmaktadır. M.Ö. XIII y.y. da Kayseri “Güzel Atlar Ülkesi” anlamına gelen KAPADOKYA’nın başkentidir. Roma döneminde eski Pers krallarından III. Ariarates zamanında halen kültürünün yaşatıldığı Kapadokya İncesu’yu da içine almaktadır.

      O dönemdeki ismi SADOGORA olan İncesu ve NAZİANS diye adlandırılan Viranşehir Köyü, Kapadokya’nın önemli yerleşim birimlerindendir. Derebağda ve Viranşehirde bu yerleşim izlerini taşıyan kiliseler ve sapaller (küçük kiliseler) şekil ve motifleriyle günümüze kadar ulaşmıştır. Kırklar İni, kayadan oyma bir çok in, kaya mezarları yaşayan örneklerdir. Bu tarihi yerlerdeki motifler Ürgüp ve Göreme dekilere göre daha basit ve ilkeldir. Bu da İncesu’daki medeniyetin Kapadokya bölgesinden eski olduğunun delilidir. 

      IX. yy. da Kayseri, daha önce ikiye ayrılan Roma İmparatorluğunun Bizans sınırları içerisinde kalır. Bu sırada Kapadokya yönetimi askeri valiliğe dönüştürülür. Türklerin Anadoluyu yurt edinmesine değin bu bölge Bizans’ın elinde kalır. Bu dönemden Beylikler dönemine gelinceye kadar İncesu’yun tarihi gelişimi hakkında mevcut kaynaklarda bilgiye rastlanmamıştır.

      Beylikler döneminde İncesu’ya ilişkin şu tarihi bilgiye sahibiz: Yavuz Sultan Selim Çaldıran seferi döneminde Kayseri ve Bozok’a, Dulkadiroğulları soyundan Ali Bey’i yönetici olarak atar ve 1315 de Kayseri’nin de Osmanlı topraklarına katılması sağlanır. Olay şu şekilde ceryan eder. “Yavus Sultan Selim Çaldıran zaferi dönüşünde Kayseri’ye gelir. Göksun Maraş tarafında meskun Dulkadiroğullarını ortadan kaldırmak istemektedir. Bunlarla, Mısır Memlükluları kız alış verişiyle akrabalık kurulmuştur. Ordu, tabii konumu ve su olduğu için İncesu vadisine çekilir. Burası otağ kurulması için de çok ideal bir yerdir. Vezir Sinan Paşa’yı Dulkadiroğulları üzerine gönderir. Sinan Paşa kısa sürede başarı kazanır. İncesu’ya döner, başlar bir zafername ile Mısır’a gönderilir. Ordu da İncesu’dan kalkarak İstanbu’a doğru yol alır. Tarih 15 Haziran 1515 tir. İşte Damardindaki Sinan Köyünün ismi buradan gelir.”

       1500 yıllardan sonra İncesu da,  yerleşik cemaatlerden başka yeni cemaatlerinde gelip çok eskiden beri gayrimüslimlerinde yaşadığı bu mahallelere yerleştiklerini görüyoruz. Bu cemaatlerin lakaplarına göre tesbit edilmiş olanları şunlardır:
Orçanlar : Orçanlı - Maraş eyaletinden
Bayatlar : Bayatlı-Ankara-Bağdat-Erzurum
Karakoyunlular : Yürakani
Diğerleri : Türkmen taifesindendir
Bu toplulukların gittikçe büyümesinden sonra İncesu’da 6 Rum, 5 Türk mahallesinin oluştuğunu görüyoruz.
Bu mahalleler şunlardır :
TÜRK MAHALLELER          RUM MAHALLELER
Bulgurcu                                       Salanta
Camii Kebir                                 Orta Mahalle
Yarım Mahalle                              Kilise Mahallesi
Karakoyunlu                                Tırhanlı (Niğde’den)
Sada (Aygaozma)(Develi’den)
Moln(Molu köyünden)

       Bu mahallelerden müteşekkil kasaba Bağdat İpek Yolu üzerinde bulunmaktadır. Ticari açıdan merkezi bir önemi haizdir. Çevresi gür ve geniş ormanlarla kaplıdır. Bu özellikleriyle bölgede cazibe merkezi haline gelen kasaba (bir rivayete göre) sık sık eşkiya çetelerinin saldırılarına maruz kalıyor, halk bu eşkiyalar tarafından taciz ediliyordu. Bu durum zamanın padişahına iletildi. Şikayetin önlenmesi ve halkın huzurunun sağlanması için padişah IV. Mehmet, daha sonra Sadrazam olan Merzifonlu Kara Mustafa Paşa’yı İncesuya gönderir. Bu, Kara Mustafa Paşa’nın İncesu’ya gelişiyle ilgili yaygın olan bir rivayettir. Kara Mustafa Paşa’nın aynı yere gelişiyle ilgili ikinci bir rivayet de şöyledir: Mustafa Paşa gençliğinde Fazıl Ahmet Paşa ile Halep’e okumaya gider. Daha sonra dönüşte İncesu’da kalırlar. Bugün “Damardu” diye tabir edilen (Mezarlığın üstünde) Sinan Köyü’nde konaklarlar. Daha sonra, vezir-i azam olan Kara Mustafa Paşa’yı çok etkileyen bir olay olmuştur ki İncesu’yu unutamamıştır. Rivayetin devamına göre :
1-Paşa nın kaldığı hanı eşkiyalar basar. ” Bu zor durumdan kurtulursam buraya iyi bir yerleşim yeri oluşturayım” der.
2-Rüyasında gökyüzündeki yıldızların hep omuzlarına düşmüş, ay boynuna takılmıştır. Burada rüyayı yorumlatır. İleride yıldızlardan dolayı büyük adam olacağı, ay içinde çok kötü durumla karşılaşacağı belirtilir.

      Neticede 1660 da İncesu’ya gelen Kara Mustafa Paşa buraya Kervansaray, camii, medrese, hamam, çeşme, fırın, dükkanlar ve su yollarından müteşekkil büyük bir külliye yaptırır.

      Böylece yöre, eşkiya saldırılarına karşı kasabanın emniyetinin sağlanması için, doğu yönü yani Kayseri cephesi Kervansaray a bağlı sur şeklindeki duvarla kapatılır. Ayrıca yerleşim vadisinin önemli giriş yerleri olan güneyindeki Derbent geçidi, güney batısındaki, Derebağı vadisinin ağzı kontrol altına alınınca yerleşim merkezinin emniyeti tamamen sağlanmış olur.
       Yukarıdaki adı geçen külliyatın inşasında Erciyes’in yamaçlarında meskun Sürtme, Kızılviran, Karataş, Bezirci öreni, Çukurkışla ahalilerinden ve İncesu’yla Hamurcu Köyü arasında yol üzerindeki Erbek(Erbağ) deresi çevresinde bulunan inlerde yaşayan insanlardan istifade edilmiştir. İnşaatın tamamlanmasından sonra yukarda adı geçen yerleşim alanlarında yaşayan bir çok aile buraya gelip yerleşme imkanı bulmuştur.
       Başka bir rivayete göre; Anadolu’da Abaza Hasan Paşa, Osmanlı Devletine karşı isyan etmiş olduğundan, bu isyanın bastırılmasına o zaman Kaymakam bulunan Kara Mustafa Paşa memur edilmiştir. Emrine verilen büyük bir ordu ile İstanbul’dan Anadolu’ya hareketle bugünkü İncesu Kazası mevkiinin doğu yönünde ve halen hükümet binasının bulunduğu yerde konaklamıştır.
      Önü kışa rastladığı ve isyan hareketinin de genişlemiş bulunması hasebiyle, isyanı kısa bir zamanda  bastırmak mümkün olamayacağından Ordu’nun kışlaması için bir kışlaya ihtiyaç olduğunu düşünen Kara Mustafa Paşa, çevresi ve ön kısmı dar bir geçit halinde olan bu mevkiye yerleşmeyi düşünmüştür. Çevre, bir kaleyi andırdığı için burada gereken tesislerin yapımına, elde bulunan büyük ordudan işçi ve usta cihetinden faydalanarak derhal başlanmıştır. İlk fırsatta han yapılmak üzere ilerde yerleşme merkezi olabileceği düşünülerek bir topluluk için şart olan hamamı Cami, Çarşı ve Medrese’yi yaptırmıştır.
“Bu mevkinin, yol üzerinde bir konak mahalli olması ve ticarete olan istidadı sayesinde kısa zamanda civar köylerden gelip yerleşen halk, İncesu’nun ilk sakinlerinin esas kısmını teşkil etmiştir. Bundan sonra Karakoyunlu mahallesinde (Karakoyunlu Obası) yerleşmiş ve nüfusu artmaya başlamıştır. Kazaya, içerisinden akan derenin adına nisbetle (İncesu) denmiştir.
      İncesu’nun Karataş Nahiyesie bağlı bir köy olarak kurulmuş olduğuna dair (Kayseri Mahkemesindeki bir dosyada) delil vardır. Paşa bunun dışında, P.Lucas, Charles Texier, Albert Gabriel gibi seyyah ve tarihçilerin İncesu’dan geçerken gördükleri kale, harabe, mağara ve mezarlar hakkında kısa malumatları vardır.
1568-1641 yılları arasında muhtelif zamanlarda Kayseri, Karaman eyaletine bağlı sancaklardan biridir. XVIII. yy.da da Karaman eyaletine bağlı olan Kayseri sancağı, ilk defa XIX. yy ortalarında (1856-1857) Karaman eyaletinden ayrılarak Bozok eyaletine bağlanmıştır. Bu tarihte İncesu, Kayseri sancağına bağlı 6 büyük nahiyeden (İncesu, Sarıoğlan, Develi, Karahisar, Zamantı, Kustere) biridir.
1876 senesinde Ankara vilayetine bağlanan Kayseri sancağının 3 büyük kazasından birisi İncesu’dur. İncesu’ya ilk atanan kaymakam ise Asaf Bey’dir. Belediye başkanlığına ilk defa 1901 yılında Hacı İmamoğlu Şemii Efendi seçilmiştir. 1901 yılında İncesu’yun kazalık ünvanı padişah tarafından kaldırılmış, 1905 yılında tekrar “kazalık” verilmiştir. 1908 tarihinde Ankara’ya tabi olan Kayseri sancağı bu dönemde müstakil mutasarruflıktan 1923 de il olmuştur.